全国人大常委会法工委经济法室副主任王清表示，环保税相对于排污费的有以下几点改进：
(一)环保税增加了企业减排的税收减免档次
现行排污费制度只规定了一档减排税收减免，即：纳税人排放应税大气污染物或者水污染物的浓度值低于规定标准百分之五十的，减半征收环境保护税。
有的意见提出，应当根据减排的幅度确立更多档次的税收 减免。为鼓励企业减少污染物排放，参考实践中一些地方的做法：
环境保护税法增设了一档减排税收减免，即：纳税人排放应税大气污染物或者水污染物的浓度值低 于规定标准百分之三十的，减按百分之七十五征收环境保护税。
(二)环保税进一步规范了环境保护税征收管理程序
现行排污费由环保部门征收管理;
改征环境保护税后，将由税务机关，按照本法和税收征收管理法的规定征收管理，增加了执法的规范性、刚性。同时，考虑到环境保护税的征收管理专业性较强，本法还强调了环保部门和税务机关的信息共享与工作配合机制。
相同点：
征收费用的污染物是一致的
排污费与环保税：均对大气、水、固体、噪声等四类污染物征收费用。
不同点：
(1)征税费用不同
排污费：只要有污染的企业，收费标准是一样的。
而环保税则不同，污染排放多，交税就越多，污染排放少，交税少。为防止排污企业认为交税后就可肆意排放，环保税法明确直接向环境排放应税污染物的企业事业单位和其他生产经营者，除依照本法规定缴纳环境保护税外，应当对所造成的损害依法承担责任。
(2)地方留成有变化
排污费：污染费中央和地方留成按照1:9的比例，而环保税将全部归地方留成，中央不再分成。
(3)环保税减税情况
环境保护税法还规定了两档减税优惠，企业少排污少缴税。纳税人排污浓度值低于规定标准30%的，减按75%征税;排污浓度低于标准50%的，减按50%征税。
