把握好普查对象和内容。长期以来，我国的危险废物产生量居高不下，且种类繁多、涉及行业范围广，造成危险废物鉴别困难、周期过长，对环境造成潜在危害。除传统的石油、化工、采矿、医药、电子设备等重污染行业外，环保治理、再生资源利用等涉危险废物企业也是第二次污染源普查的重点。
在确定废物行业来源时，可以依据《国民经济行业分类》按照企业的主要经济活动确定其行业性质。医疗废物与列入《危险化学品目录》的化学品废弃后均属于危险废物，当企业从事两种以上的经济活动时，则按照与废物产生有关的活动确定废物产生的行业。
对具有腐蚀性、毒性、易燃性、反应性或者感染性等一种或者几种危险特性的危险废物，应在普查中予以重视。对危险废物产生、经营单位的危险废物管理、贮存、登记、转移、处置、危险废物经营许可、转移联单、应急预案、经营情况等基本信息，污染物种类和来源，污染物的产生和排放情况，污染治理设施和运行等情况，按照8位数字的废物代码进行普查统计。
加强重点行业和区域普查。针对化工、医药等重点行业，要从产废企业环境影响评价文件、危险废物转移计划、处置利用合同、危险废物转移联单等入手，查清、查准、查全危险废物的产出、贮存、运输、接收、利用、处置等全过程真实情况。对危险废物种类、成分、性质、数量、贮存周期等加以确定，避免将危险废物作为一般固废处置或作为副产品出售，掌握危险废物流向和污染现状。
以网格化管理为基础，对非法处置特别是倾倒危险废物违法犯罪活动高发的城乡接合部、县域边界地区、人迹罕至地区和废弃的厂房、院落、矿井、矿坑等重点区域和部位进行拉网式排查，重点排查可疑危险废物。
加强危废经营单位普查。重点普查接收的危险废物是否与上游产废单位委托利用处置危险废物的种类和数量相符；实际利用和处置危险废物种类和数量是否与接收的一致，是否存在向外非法转移危险废物的情况；利用处置过程中产生的危险废物的种类、数量和去向，是否存在危险废物非法转移和倾倒的行为；是否建立危险废物综合利用产品的环境与健康安全评价体系。 加强非工业源危险废物普查。主要涉及机动车维修、回收、拆解、利用以及医疗废物、实验室等产生的非工业源危险废物种类、数量。
